Fundação destina-se a contribuir para o conhecimento dos aspectos sócio-econômicos e políticos do mar, bem como dos problemas a ele referentes; valorizar a pessoa do trabalhador da indústria de construção naval, do transporte aquaviário e da pesca, promovendo a maior produtividade dessas atividades comerciais e industriais; procurar os meios para racionalização do trabalho nos portos; através de estudos, buscar soluções para o incremento do transporte aquaviário, promover o conhecimento e a difusão dos problemas atinentes ao complexo aquaviário, transportes, portos, pesca, navegação, construção naval, ciências do mar e legislação pertinente, tudo com vistas a contribuir para difundir a mentalidade marítima no Brasil.

Para consecução desses objetivos a Fundação realiza estudos e pesquisas, cursos, seminários e outras atividades congêneres para a formação, especialização e aperfeiçoamento do pessoal capacitado ao exercício de empreendimentos públicos e privados relativos ao mar e pode ainda:

I - financiar estudos, pesquisas e publicações que visem direta ou indiretamente, promover o desenvolvimento e a difusão de conhecimentos relativos às atividades marítimas;

II - firmar convênios e contratos com outras instituições, públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras, para a execução de planos e projetos referentes às suas atividades ou destinados ao recebimento ou prestação de assistência técnica relacionados com suas atribuições;

III -apoiar, quando necessário, as atividades de seleção, formação básica e profissional de integrantes da Marinha Mercante e da Marinha do Brasil, provendo recursos materiais e prestando assessoria técnica e acadêmica.

O Estatuto inicial da FEMAR foi instituído em 1966 e, ao longo dos anos, recebeu as alterações determinadas pela necessidade de compatibiliza-lo com as normas, procedimentos e legislação vigentes. O atual Estatuto foi aprovado pela Promotoria de Justiça das Fundações (MP) em 5 de setembro de 2005.